Manchmal ist es zu spät und die Karies hat den Zahn soweit geschädigt, dass der Nerv sich entzündet und anfängt zu schmerzen. In diesen Fällen hilft oftmals nur die Entfernung des sich im Zahn befindenden Nervs mit anschließender Aufbereitung und Versiegelung der Zahnwurzelkanäle. Als Standardbehandlung ist hierbei die Handaufbereitung mit Stahlfeilen vorgesehen. Dieses Verfahren ist zeitaufwendiger und nicht sehr präzise. Bessere Ergebnisse bei einer Wurzelbehandlung erreicht man mit der maschinellen Aufbereitung. Dabei kommen moderne Geräte zum Einsatz, die sowohl die Kanäle reinigen als auch eine exakte Bestimmung der Kanallänge zulassen. Somit ist während der Aufbereitung der Kanäle eine ständige und sehr genaue Kontrolle gewährleistet und ein zusätzliches Röntgenbild wird vermieden. Die verwendeten Nickel-Titan-Feilen sind sehr flexibel und passen sich vor allem den gekrümmten Wurzelkanälen gut an. Zusätzliches Spülen mittels Ultraschall ermöglicht eine gründlichere Reinigung und Beseitigung der Bakterien aus den Wurzelkanälen. Nur so ist gesichert, dass die Behandlung zu einem langfristigen Erfolg führt. Die Behandlung erfolgt unter Kofferdam, einem Gummituch. Dies verbessert die Qualität und macht manche Behandlungstechniken überhaupt erst möglich. Für die meisten Patienten ist das Arbeiten mit Kofferdam sehr angenehm. Dieses keimarme Arbeiten ist entscheidend für den langfristigen Erfolg der Wurzelbehandlung. Die Krankenkasse trägt die Kosten der Standardbehandlung, bei der maschinellen Variante ist eine Mehrkostenvereinbarung notwendig.